佐助叛逃事件导致了很多的后果，比如木叶新三忍的成型。强者在失败之后，只会更加努力，争取下一次成功。
春野樱拜入纲手的门下学习医疗忍术，她从小就是一个学霸，可以不作弊直接笔试满分，查克拉的精细程度很高，拥有这两个条件的人直接就是医疗忍者的好苗子。
在佐助离去之后，小樱痛恨自己的无能，她想跟随佐助而去，却被佐助嫌弃。这时候她才真正认识到她跟佐助和鸣人两人的差距。
下定决心，知耻后勇的小樱在进入纲手的门下后拼命努力学习和练习医疗忍术，努力跟上两位队友的脚步。
鸣人在佐助离去之后感受到了前所未有的孤独，渴望别人认可的他，却被队友佐助视为累赘，在木叶的时光嘲笑为玩忍者游戏。
自来也的回归让鸣人的孤独感消散了不少，因此他提出带鸣人出去修行后，鸣人一口答应下来，鸣人最近力量都来自于自来也教授的忍术，无论是通灵术还是螺旋丸，都让他快速接近甚至超越他心目中的对手宇智波佐助。
跟着自来也出去旅行的好处就是可以缓解他的孤独感，木叶有他的朋友，但是不多，真正被鸣人认可的朋友其实只有佐助一个，小樱是喜欢的人。
火影爷爷已死，纲手婆婆业务繁忙，伊鲁卡老师更是亲人，更像是他的父亲。人到了一定的年龄，亲人固然重要，其实更渴望的还是朋友的认可。
暂时的离开，鸣人可以全身心得投入到修炼之中，努力修炼，以后把宇智波佐助带回木叶。
日向道间在族长的亲自指点下，开始他更加刻苦的修炼，他的目标更加清晰了，那就是要证明在日向家族锻炼出来的忍者也可以超越日向宁次这个野生的强者。
奈良鹿丸作为佐助叛逃事件的追击小队长，面对敌人却没有能力制服敌人，悔恨不已的他在父亲奈良鹿久的指导下开始刻苦的修炼，一改之前懒散的性格。
秋道丁次在追击中面对强敌服用第三颗秘药，濒临死亡。在养好身体后，开始跟随父亲秋道丁座刻苦修炼家族忍术。
宇智波佐助在大蛇丸的音忍村正式开始他的修炼，面对贪图他身子的大蛇丸，佐助渴望变得更加强大，将来可以杀死他的哥哥宇智波鼬，为家族报仇，为父亲母亲报仇。
木叶十二小强，正式成型。
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宁次成为雨隐村的暗部部长之后，在村子里面建立了一个基地，离长门和小南的住所不远。
拥有自己的房子之后，他终于可以安心地在里面修炼而不需要考虑被人偷窥。宁次搬离高塔的房间之后，暗部也跟着聚集在他的房子附近。
对于宁次的搬离，小南和长门都没有意见，宁次已经得到他们的信任，自然不需要再把宁次置于眼皮底下进行监视。
暗部的工作进展很顺利，在得到雨之国的财政的支持下，忍界五大国都有雨隐村暗部的人员进驻收集情报。
暗部的收集情报的方法也比较安全，宁次一直都认为除非这个情报价值千金，关系许多的性命，不然就不需要暗部的人豁出性命来传递。
因此暗部事实上变成了雨隐村唯一的一个上升通道，成为雨隐村炙手可热的部门，小南作为暗部成员的筛选者，声望比之前更加的高。
事实上证明你对别人无论多好，都比不上你掌握他前途时，更加受人尊敬和爱戴。雨之国的忍者在山椒鱼半藏死后，就一直都处于忙于生计的状态。
忍者作为一个高收入群体，自己的妻子还需要去夜店做陪酒补贴家用，在忍界的任何国家都是不可想象的。
只有封闭的雨之国以及强大的佩恩高压统治之下，才可能出现拥有力量的忍者混的不如普通民众的局面。
暗部的成立打破了这个局面，让忍者群体看到了上升空间，而且暗部的高工资，以及宁次的使用谨慎，让更多了解内情的雨忍对于暗部和宁次的推崇更上一层楼。
也不是所有人都喜欢暗部，像带土和绝就非常的不喜欢暗部，在拥有暗部之后，晓组织获取情报的来源多了一个渠道，让他们无法像以前那样垄断情报，暗中摆布晓组织。
宇智波带土的确是晓组织的幕后操纵者，不过长门作为一个顶级的影级强者，他不可能使用强迫的手段，只能用引导的方式来实现他的目的。
晓组织的创始人长门和小南，对于自己找上门来的带土，始终是带着警惕和戒备。带土事实上也无法控制晓组织成员的行动，他们都是小南和长门招揽过来的。
在晓组织里面带土最忌惮的人就是他的同族，宇智波鼬。面对宇智波鼬的超强的幻术能力，带土没有必胜的把握。
现在毫无疑问，日向宁次也变成了宇智波带土想要拔除的人，这个人来到晓之后，就让晓组织背后的雨隐村发生了巨大的变化，而他宁次做的事仅仅只是成立一个暗部。
暗部的成立也让带土在雨之国的行踪不再像之前那么随意，因为他也不知道暗部具体人员的名字和样貌，万一在跟绝密谋的时候，被暗部的人探听到了，他在长门中的信任列表再下降，对长门的控制会变成困难。
“既然他是我的搭档，只要制造出一起事件，让日向宁次离开雨隐村，我就可以在任务中控制他，让他为我所用。”
宇智波带土对于自己的能力还是很自信的，幻术能力他比不过宇智波鼬，不过面对一个日向家族的人，幻术还不是简简单单。
“绝，什么事件可以让日向宁次离开雨隐村？”
“或许我们可以刺杀火之国大名，顺便把隐藏在火之国的暗部杀掉，作为暗部部长的他一定会出来调查。”
“只要他出村，晓组织规定行动一定要两人一组，身为阿飞的你就可以顺利的跟着他一起出发，路途中无论是控制还是杀掉，机会都很多！”
“就这么办吧！今晚我要火之国的新大名死！”